J9：高通量分子模拟与AI辅助新药发现平台
J9专为创新药企、前沿生物科研实验室及转化医学中心量身定制。平台深度整合亿级化学虚拟库筛选、高精度自由能微扰结合亲和力预测与多原子构象动力学计算。通过端到端算法管线无缝替代高成本低通量湿实验摸索，大幅缩短靶点确认到临床前候选化合物的迭代周期，让生命科学创新团队掌控兼具高活性、高选择性与高成药性的分子靶向方案。
融合先进物理模型与AI深度推断，重新定义分子筛选准度
J9深度消弭了传统计算化学算法速度慢与纯机器学习黑盒不可解释的鸿沟。平台集成自主研发的分子动力学微观采样引擎与预训练图神经网络，支持标准 PDB、SDF、MOL2 及 SMILES 格式分子解析。在全原子溶剂化自由能计算测试集上保持高水准精度（标准实验集 RMSD 稳定小于 1.2Å），全面适配激酶、GPCR、变构酶以及蛋白-蛋白相互作用界面等严苛成药靶点。
完备的电子签名与全链路计算审计追踪日志，直接对接 IND 申报数据包需求。
企业专有化合物骨架与生物靶点数据资产全程处于专有硬件级加密飞地隔离保护。
J9算法矩阵，直击传统先导物挖掘核心瓶颈
基于大规模异构计算集群与自适应采样算法，J9贯穿从靶点微观动力学到化合物成药性表征的全栈研发闭环，帮助药物研发团队在数天内完成过去需数月实验摸索的筛选任务。
超大规模虚拟筛选
支持超百亿级可商业化合成化合物库极速初筛与靶点精准对接，多级过滤漏斗大幅降低假阳性率，锁定高潜力 Hit 化合物。
FEP 结合自由能微扰
严格遵循统计热力学热力学循环，精准预测纳摩尔级（nM）微小同系物结构修饰亲和力差异，预测误差控制在 1.0 kcal/mol 以内。
从头分子生成与骨架跃迁
利用扩散模型与三维结合口袋空间约束生成结构新颖的先导分子，自动绕开现有专利壁垒并保证分子可合成性评分（SAscore < 3.5）。
多维 ADMET 早期预测
覆盖口服生物利用度、血脑屏障透过率、CYP 酶代谢稳定性及 hERG 心脏毒性等 50+ 项核心物理化学与毒理学属性。
分子动力学全原子模拟
支持纳秒至微秒级全原子显式溶剂动力学轨迹采样，真实还原蛋白质构象诱导契合与瞬态隐蔽口袋暴露过程。
靶点组学反向靶向筛选
基于靶标相互作用网络与多组学特征，为已知高活性化合物进行泛靶点毒性排查或开展高效老药新用（Drug Repurposing）挖掘。
J9核心商业模块，覆盖全生命周期管线
根据不同的药物研发模态与细分管线需求，提供高度解耦又协同运行的专用子系统，满足从靶点发现到化合物成药性修饰的针对性算力支持。
小分子化学靶向研发套件
覆盖苗头化合物识别（Hit Identification）、先导化合物优化（Lead Optimization）以及构效关系（SAR）智能化分析，提供全流程配体对接与动力学校准。
- 百亿级虚拟化合物库极速索引对接
- FEP 亚原子亲和力预测插件
- 骨架跃迁与片段药物设计 (FBDD)
抗体与多肽设计套件
聚焦单抗、双特异性抗体、纳米抗体及功能多肽的亲和力成熟预测、CDR 结合界面重构与免疫原性早期规避，提升大分子生物药成药稳定性。
- 抗体 CDR 环构象高精度从头预测
- 表位抗原结合自由能快速扫描
- 抗体聚集倾向与热变性稳定性模拟
逆合成路线与可合成性引擎
基于千万级化学反应规则网络与深度学习转化模型，为虚拟生成的先导候选物自动评估合成可行性，并自动规划低成本可商业采购起始物料路线。
- 自动化多步逆合成树状路径规划
- 商业可得构建块（Building Blocks）库存直连
- 反应副产物与产率置信度预估
支持多种模态管线在统一数据库资产中跨部门协作
所有模块共享统一的分子特征解析底座，药物化学家、计算生物学家与药效评价工程师可在同一软件工作流内实时查看计算进度与构象评估。
异构超算调度与企业级生物信息安全架构
J9为应对百亿级构象采样的海量计算需求，构建了分布式异构微架构调度层，既保障计算时延压降至极限，又确保药企最核心的专利分子资产处于不可渗透的私有计算防护墙内。
混合 GPU 异构调度池
针对分子动力学与神经网络矩阵推理的不同负载特性，自动化动态调度英伟达（NVIDIA）计算加速单元与国产超算芯片，集群利用率稳定保持在 92% 以上。
纳秒级动力学加速内核
深度重构微观物理力场代码，针对 CHARMM、AMBER 及 OPLS-AA 力场进行微指令级优化，模拟速度较经典开源工具实现 4-8 倍线性能效飞跃。
专有计算加密飞地
采用硬件级机密计算技术（Confidential Computing），分子结构数据在内存解密仅发生于安全飞地内部，杜绝云端运维人员及外部网络探针截获核心分子式。
针对新药研发关键节点的智能计算落地范式
无论面对全新未探索靶点的活性口袋探测，还是针对进入临床前评价候选物的成药性微调，平台提供精准契合药物化学家直觉的数字化工具流。
全新变构口袋（Allosteric Sites）高精度定位
针对正构催化中心高度保守导致选择性差的难成药蛋白，通过全原子增强动力学探测蛋白质瞬态开合微状态，揭示具备高特异性的全新变构抑制口袋。
苗头化合物扩增与 Hit-to-Lead 结构优化
基于已有微摩尔级结合活性苗头化合物，在保证关键氢键与疏水相互作用的前提下，通过智能分子侧链演化算法快速将活性提升至纳摩尔级别。
生物利用度与代谢缺陷分子骨架重构
对实验检测存在体内半衰期短或溶解度过低缺陷的候选物，自动化实施骨架生物电子等排体替换，同步维持靶点强亲和力与优质体内存留。
助力多款创新候选药物快速推进至 IND 临床申报阶段
从生物科技创业新秀到全球百强跨国药企，J9为真实生物医药研发攻坚提供了坚实的计算证据支撑。
某创新药企实现难成药 KRAS 突变体先导物突破
项目团队针对极度平坦的靶点蛋白表面，利用平台从头分子生成与 FEP 自由能预测模块，仅合成测试 32 个分子即获得结合亲和力 Kd 达 4.2 nM 的优质先导化合物，较传统湿实验路线节省了逾 18 个月的高昂试错周期。
国家级联合医学重点实验室完成抗体亲和力成熟改造
课题组依托平台的大分子抗体套件，快速完成 CDR-H3 环区 20 种氨基酸的全饱和虚拟突变扫描，成功消除重链界面潜在的异构化不稳定位点，同时使抗原结合特异性提升了近 12 倍，热变性熔解温度（Tm）提高 4.5℃。
生命科学专家与资深研发总监的真实科研反馈
听听来自药物化学、结构生物学与生物信息学决策者对J9算法精度与稳定性的一线评价。
“我们在激酶变构抑制剂项目中全面对比了多款国内外主流计算软件。J9在结合自由能计算排序上的准确率表现令人惊艳，与我们湿实验 SPR 测定数据的相关系数（R²）达到了 0.86，直接为我们锁定了真正的临床前候选物。”
“软件工作台对于非纯计算背景的药物化学家非常友好，三维构象查看流畅，且支持复杂分子动力学轨迹的实时切片。私有化专网部署方案极大地减轻了我们对专有靶标结构泄露的顾虑。”
“从头分子生成模块并非简单输出无法合成的‘虚幻分子’，其内置的逆合成可行性过滤机制极其严密，我们根据系统推荐路径合成的首批 8 个化合物均顺利出产，成药性评价高度契合预期。”
灵活适应学术科研至集团药企的多层次部署形态
提供云端按需租用算力与本地物理机群离线私有化两种主流体系，全量版本均享受终身算法内核升级与专业技术顾问支持。
科研团队 SaaS
适合高校课题组、科研院所早期靶向验证及教学科研验证使用。
- 云端 Web 协同工作台接入
- 千万级基础虚拟化合物库检索
- 标准 ADMET 物理化学性质预测
- 不支持专属物理隔离飞地
企业专享混合云
适合具有活跃研发管线的 Biotech 公司，兼顾高弹性并发与数据安全。
- 100亿+ 虚拟库深度高通量虚拟筛选
- 高精度 FEP 亲和力预测插件全开
- 专用硬件加密飞地保障分子资产
- 7×24 小时专属计算生物学顾问支持
药企私有化旗舰版
为跨国药企或大型研究院提供纯内网物理单机或本地 HPC 集群极速部署。
- 100% 离线物理隔离运行
- 完全满足 FDA 21 CFR Part 11 审计
- 支持定制私有靶点数据训练模型
- 无限并发用户与无限内部节点扩展
结构生物学算法突破与计算药物学前沿快讯
算法升级 2026
几何等变图神经网络升级：蛋白-配体柔性对接精度再上新台阶
J9核心团队将 SE(3) 等变神经网络深度融入分子力场微调，使含侧链诱导契合构象预测的假阳性率降低了 34.6%。
模态拓展
PROTAC 靶向蛋白降解三元复合物稳定性预测模块上线
针对 E3 泛素连接酶-连接子（Linker）-靶蛋白三元相互作用空间取向，平台实现了基于增强采样的空间碰撞快速规避与稳定构象打分。
产学研论坛
首届“计算生物学与先导化合物智能设计”闭门峰会圆满落幕
多位中科院院士与二十余家创新药企首席科学家就 AI 生成化学与湿法实验闭环验证（Design-Make-Test-Analyze）规范展开深度探讨。
J9核心技术与合作答疑
针对算法可靠性验证、专有分子数据隐私、本地集群硬件兼容性等常见业务关切的系统性梳理。
J9的分子对接评分与实际湿实验（Wet-Lab）活性一致性如何验证？
平台经过了覆盖激酶、核受体、蛋白酶及离子通道等 120 余个标准蛋白测试集（包括 PDBbind 精选集）的回溯盲测验证。在结合自由能微扰（FEP）模式下，实验值与计算值皮尔逊相关系数可保持在 0.82-0.88 区间。此外，我们推荐在项目早期开展小批量代表性化合物（20-30个）湿法实测标定，算法模型可利用回传 IC50 数据执行快速自适应迁移微调，显著拔高后续分子的命中概率。
药企专有的专利化合物结构与私密靶标数据，如何保障不被泄露或用于通用模型反向训练？
数据安全是生命科学的核心命脉。我们在合同中明确约定客户专有化学结构和实验数据的排他性归属权。在云端架构中，采用硬件 Enclave 机密计算飞地，多租户逻辑强隔离；针对对安全性要求极高的药企，推荐选用“私有化旗舰版”，全套平台支持在纯物理断网的内网专网环境部署，绝不回传任何数据包，彻底消除资产外泄风险。
如果选择本地私有化部署，对企业的物理机房或 HPC 服务器硬件有什么最低配置要求？
系统底层高度解耦，支持从单台高性能 GPU 塔式工作站到千卡级超算集群的平滑扩展。最低推荐配置为 1 台配备 2 颗 Intel Xeon/AMD EPYC 处理器、256GB ECC 内存及至少 2 块具备 Tensor Core 计算能力的主流 GPU 加速卡（单卡显存不低于 24GB）。系统支持 Ubuntu LTS / Rocky Linux / CentOS 等主流企业级操作系统，支持容器化一键部署交付。
平台计算生成的候选化合物是否可以直接导出用于商业专利申报与 IND 申报材料？
完全可以。J9严格符合 FDA 21 CFR Part 11 计算机化系统规范，支持将筛选逻辑、分子能量极小化步骤、结合自由能微扰收敛曲线、构象聚类分析图表及对应 PDB/SDF 结构文件以符合法规审查要求的 PDF/CSV/3D 格式一键归档导出，为新药发明专利说明书与临床前试验研究数据摘要提供合规、可复现的直接证据链。
研发团队若已有自研的特定靶点机器学习小模型，是否支持集成入平台的流水线中？
支持。平台开放了基于 RESTful API 与 Python SDK 的扩展插件体系。用户可将自建的 QSAR 活性预测模型、特定的化学指纹过滤规则或定制的评分函数（Scoring Functions）作为独立节点插拔式集成至平台的统一筛选管线中，实现自研算法资产与平台底层超算调度能力的无缝结合。
开启智能化新药研发计算之旅，突破成药性探索瓶颈
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